El santuario de Machu Picchu está dividido en dos grandes sectores -uno el sector agrícola y el otro el urbano, o la ciudadela- de los cuales el primero rodea al segundo. Podríamos considerar el cerro Wayna Picchu como un tercer sector. El principal camino de acceso a Machu Picchu, que viene del Cusco por el sur (Qosqoñan), cruza la cresta del cerro y llega a la entrada del santuario después de pasar por áreas con construcciones aisladas -como la que ahora se denomina el mirador-, puestos para vigías o guardianes, qolqa o graneros y abundantes terrazas agrícolas. También había otros caminos, como el que hacía accesible el río desde el santuario por el noreste. Actualmente se ha habilitado, para la visita de los turistas, un camino que antes no existía y que corre paralelo al Qosqoñan.
El santuario propiamente dicho es una ciudadela conformada por palacios y templos, viviendas y depósitos, pero, sobre todo, por edificios que cumplían claramente funciones ceremoniales religiosas cuyos componentes más lujosos y espectaculares son los mausoleos labrados en la roca. Tanto los edificios como las plazas y las plataformas que constituyen el sector urbano están conectados entre sí mediante un sistema de estrechas callejas o senderos, mayormente en forma de escalinatas, que se cruzan con las terrazas que siguen un eje longitudinal plano. La plataforma principal del sector urbano es una amplia plaza -la plaza mayor- que a su vez divide los edificios en hanan ("arriba") y en urin ("abajo"). El sector urbano estaba rodeado de medios que impedían el acceso al santuario, como el muro de defensa y la profunda y ancha zanja, o foso seco, que rodeaban todo el conjunto, no como parte de una fortificación militar, sino como una forma de aislamiento ceremonial restringido.
